EBRG Üyeleri
Prof. Dr. Mahir BUDAK
Team Leader
Lisans derecemi Boğaziçi Üniversitesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik bölümünden aldım. Lisansüstü eğitimimi moleküler filogeni çalışmaları ile Sivas Cumhuriyet Üniversitesi Fen Bilimleri Ensitütüsünde tamamladım. İlerleyen yıllarda, özellikle yeni nesil dizileme analizlerinin yaygınlaşmaya başlaması ile genom analizleri üzerine odaklandım. Gelişen teknoloji ile üretilen verilerin muazzam boyutu biyoinformatik alanının kısa sürede genişlemesine ve yaygınlaşmasına yol açmıştır. Özellikle yaşam bilimlerinde biyoinformatik analizleri uygulamak zorunlu hale gelmiştir. Bu nedenle, son on yılımı biyoinformatik alanında çalışarak geçirdim. Bu süreç içerisinde Python ve R dillerinde uzmanlaştım, ayrıca ileri düzeyde Linux bilmekteyim. Çalışılan verilerin büyüklüğü nedeniyle çoğu biyoinformatik analizlerin kişisel bilgisayarlarda yapılması olanaksız hale gelmesiyle birlikte TRUBA gibi yüksek hacimli hesaplama sunucularını kullanmaktayım. Son zamanlarda genom annotasyonu, filogenomik, traskriptomik, metagenomik ve metabarkotlama üzerine çalışmaktayım.
Prof. Dr. Ertan Mahir KORKMAZ
Team Leader
Prof. Dr. Ertan Mahir Korkmaz, Sivas Cumhuriyet Üniversitesi, Fen Fakültesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü’nde öğretim üyesi olarak görev yapmaktadır. Akademik çalışmaları ağırlıklı olarak Anadolu biyocoğrafyası, böcek mitogenomiği ve filogenomiği alanlarında yoğunlaşmıştır. TÜBİTAK destekli farklı projelerde yürütücülük yapmıştır. Öne çıkan projeleri arasında “Ecdysozoa üst şubesinde yeni moleküler sinapomorfilerin tanımlanması” ve “Symphyta alttakımının mitogenomik örüntüleri ve filogenetik analizi” yer almaktadır. Özellikle, devam eden araştırma projeleri (i) çok seviyeli trofik etkileşimlere sahip kuşburnu snipid gal komünitesinde komünal evrimin genomik etkileri (ii) fitofag ve ekonomik açıdan önemli Cephidae familyasındaki kemosensör gen ailelerinin evrimi ve (iii) hymenopteran genomları boyunca hareketli genetik elemanların evrimi üzerinedir. Prof. Dr. Korkmaz, ulusal ve uluslararası düzeyde birçok akademik yayına ve projeye katkıda bulunmuş, genç bilim insanlarının yetiştirilmesi ve araştırma projelerinin geliştirilmesi süreçlerinde aktif roller üstlenmektedir.
Dr. Öğr. Üyesi Özgül DOĞAN
Team Leader
Ana araştırma alanları biyoinformatik, mitogenomik, genomik, transkriptomik, filogenetik ve böcek moleküler genetiğidir. Doktora eğitimi sırasında Erasmus+ stajyeri olarak Bavarian State Collection of Zoology/Ludwig Maximilians Üniversitesine genom, de novo dizileme ve karakterizasyonu üzerine çalışmıştır. Şu an EBRG laboratuvarında komünal evrim konulu projede TUBITAK 1001 proje yürütücülüğü ve Cumhuriyet Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri (CÜBAP) koordinatörlüğü yapmaktadır.
Doç. Dr. Recep KALIN
student(PhD)
“Lisans eğitimimi veteriner fakültesinde tamamladıktan sonra veteriner mikrobiyoloji alanında çalışmalar yapmaya başladım. TÜBİTAK tarafından desteklenen Biodiversity of Ruminant Mycoplasmas in Eastern Turkey: Application for Vaccines and Control Strategies, (TÜBİTAK 105O351/ PIA-553) isimli projede görev alarak yıl da 2 ay olmak üzere 2 yıl Dünya Hayvan Sağlığı Örgütü (OIE) World Organizatıon For Animal Health CIRAD-EMVT (Montpellier, Fransa) laboratuvarlarında çalışma fırsatı buldum. Veteriner Mikrobiyoloji ve Moleküler Epidemiyoloji alanlarında çalışmalarımı sürdürmekle birlikte yeni nesil dizileme, genom anotasyonu, transkriptomik, metagenomik, metabarkodlama, ve rezistom analizleri konularına odaklandım. Biyoinformatik analizler ve bu analizlerde sıklıkla kullanılan Python ve R dillerini kullanarak diğer çalışma konularıma ilave yaklaşım ve zenginlik katarak ilerletmeyi hedefliyorum.”
Melissa Şafak ÇELEBİ
student(PhD)
“Lisans ve yüksek lisans eğitimimi Sivas Cumhuriyet Üniversitesinde tamamladım. Yüksek lisans çalışmalarımı Martin Luther Üniversitesi Zooloji Bölümünde, eş danışmanım Prof. Dr. Robert Paxton ile birlikte “Bal arısı Apis Mellifera ve yaban arısı Bombus terrestris türlerinde Deforme kanat virüsü (DWV-A) ve genotipi (DWV-B) arasındaki olası rekombinasyonun karşılaştırılması” konulu araştırma projesi ile tamamladım. Şu an aktif olarak Sivas Cumhuriyet Üniversitesindede Prof. Dr. Ertan Mahir Korkmaz danışmanlığında “Sivas İli Kangal Balıklı Kaplıca Su Florasının Metataksonomik ve Metagenomik Yaklaşımlarla Karakterizasyonu” isimli proje kapsamında doktora çalışmalarımı yürütmekteyim.”
Mehmet GÜLMEZ
student(PhD)
“Sivas Cumhuriyet Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalında YÖK 100/2000 öncelikli alanlarda doktora eğitimine başladığımda, önümde uzun ama bir o kadar da önü açık bir yol olduğunun farkındaydım. Bu farkındalıklar tümüyle hedeflerden oluşmaktaydı. Bu sürece başladığım zamandan bu yana, ekibimizin danışman hocalarımızın sorumluluğunda olan Illumina Miseq dizileme platformundan yararlanmak başlıca hedefimdi. Bu imkân sayesinde böcekten bakteriye, mantardan memeli dokusuna kadar birçok organizmaya ait örneklerle Yeni Nesil Dizileme (NGS) çalışmaları yaptık. Transkriptom dizileme, Amplikon izileme, Mitokondriyal Genom dizileme gibi analizlerin laboratuvar aşamalarında ekip arkadaşlarım ve danışman hocalarımızla birlikte çalışma fırsatı buldum. Halen de dizileme çalışmaları konusunda hem laboratuvar aşamalarında hem de Illumina Miseq cihazı hakkında, bilgi ve birikim kazanmaya devam etmekteyim. Aynı zamanda 4 yıldır devam eden doktora sürecimin tez döneminde olup, “Cephidae (Hymenoptera) familyasına ait bazı türlerin genom karakterizasyonları” başlıklı doktora tezimi de yürütmekteyim. Her geçen gün transkriptom tabanlı genom karakterizasyonu özelinde, evrimsel filogeni, tür sınırları belirlemeye yönelik analizler, amplikon verilerin işlenmesi, biyoinformatik programlama gibi biyoinformatik alanında kendimi geliştirmeye devam ediyorum.”
Rümeysa NALÇA
student(PhD)
“Erzurum Teknik Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik bölümünden 2019 yılında mezun oldum ve aynı yıl Ondokuz Mayıs Üniversitesi Veterinerlik Mikrobiyolojisi Anabilim Dalında yüksek lisansa başladım. Yüksek lisans tezimde “Mastitisli sığırlardan izole edilen Staphylococcus aureus izolatlarının virülens gen profillerinin incelenmesi” üzerine çalıştım. 2021 yılında Sivas Cumhuriyet Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik bölümünde YÖK 100/2000 proje kapsamında Öncelikli Tematik Alanlardan biri olan Biyoenformatik- Biyoistatistik alanında doktora eğitimime başladım. Burada yeni nesil dizileme ve biyoinformatik uygulamaları üzerine kendimi geliştirmekteyim. Aynı zamanda “Hymenoptera (Arthropoda: Insecta) Takımı Üyelerinde Kondensin ve Kohezin Protein Kompleksi Genlerinin Evrimi” adlı tez çalışmamı yürütmekteyim.”
Dilara BAKMAZ
student(PhD)
“İnönü Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik bölümünden 2019 yılında mezun oldum. Ardından Yüksek lisans sürecim TÜBİTAK 3501 Programı kapsamında desteklenen “Türkiye Sahillerinin Geniş Yayılışlı Mediolittoral Harpaktikoid Kopepodları: Genetik ve Taksonomik Çeşitlilikleri ve Türlerinin Barkodlanması” (2020-2022) projesinde bursiyer olarak başladı. Bu proje kapsamında, Türkiye sahillerinin mediolittoral bölgesinde yaşayan Arenosetella Wilson C.B., 1932 (Crustacea, Copepoda, Harpacticoida) türlerinin genetik ve taksonomik çeşitliliklerini araştırmaya yönelik yüksek lisans tezimi hazırladım. Bu tez, Harpacticoida taksonomisi alanında Türkiye’de yapılan ilk çalışmalardan biri olma özelliğini taşımaktadır. CÜTAM bünyesindeki EBRG ekibinin kullanımında olan NGS laboratuvarında (MiSeq, Illumina) edindiğim deneyimler, transkriptom analizi, metabarkodlama ve amplicon-seq gibi ileri düzey NGS yöntemlerine olan ilgimi artırdı. Bu süreçte, biyoinformatik analizler ve yeni nesil dizileme teknolojileriyle çalışma fırsatı bularak, genetik çeşitlilik ve biyolojik veri analizi konularında uzmanlaşma yolunda önemli adımlar attım. Şu anda EBRG bünyesinde “Asma (Vitis Vinifera L.)'Da Dormansinin Kırılmasında Yenilikçi Yaklasımlar: Yeni Nesil Hormonlar Ve Traskriptom Profilleri“ adlı TUBITAK1001 projesinde doktora bursiyeri olarak laboratuvar çalışmalarımı sürdürüyor genetik çeşitlilik, evrimsel biyoloji, biyoinformatik ve yeni nesil dizileme sistemleri gibi alanlara odaklanıyorum.”
İlknur ÇAÇA YÜKSEL
student(MSc)
“Gebze Teknik Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik bölümünden mezun oldum. Lisans eğitimim sürecinde TUBITAK STAR projesi kapsamında Gebze Teknik Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü Arge Serası ve Laboratuvarında Bitki Besleme ve Biyoteknolojisi alanında ortak çalışmalarda ve kendi projem üzerinde çalışma fırsatım oldu. Yüksek Lisans eğitimimi Sivas Cumhuriyet Üniversitesi Biyoinformatik Anabilim dalında yapmaktayım. Şu anda EBRG bünyesinde “Komünal evrimin genomik yansımaları: Çoklu düzeyde trofik etkileşimli kuşburnu sinipid gal komünitesi örneği” adlı TUBITAK1001 projesinde bursiyer olarak laboratuvar çalışmalarıma devam etmekteyim.”
Elisa Gül ÇİL
student(MSc)
“2023 yılında Karadeniz Teknik Üniversitesi’nde Moleküler Biyoloji ve Genetik bölümünde lisans eğitimimi tamamladım. Ardından Sivas Cumhuriyet Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik alanında yüksek lisans eğitimime başladım. Biyoinformatik ve evrim dersleri alarak kendimi bu alanlarda geliştirmeye yöneldim. EBRG (Evolutionary Bioinformatics Research Group) bünyesinde transkriptomik, mitogenomik ve biyoinformatik alanlarında bilgimi artırırken aynı zamanda alana dair yetkinliklerimi artırıyorum. Evrim, evrim psikolojisi ve astrobiyoloji alanında kendimi geliştirmek istiyorum. Özellikle önemli model organizmalar olan böcekler ve tardigradlarla çalışmalar yapmak, bu alanlarda yapacağım çalışmalarla bilime katkıda bulunmak temel hedeflerim arasındadır.”
Selin ASLANDAŞ
student(MSc)
“2023 yılında Sivas Cumhuriyet Üniversitesi’nde Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü’nden üçüncülükle mezun oldum. Aynı yıl içinde, Sivas Cumhuriyet Üniversitesi’nde Biyoinformatik Disiplinlerarası Ana Bilim Dalı’nda yüksek lisans eğitimine başladım. Şu an EBRG (Evolutionary Bioinformatics Research Group) bünyesindeki araştırmalara katılarak, evrimsel genomik, metagenom ve mitogenom analizleri, metabarkodlama, hesaplamalı genom analizi ve transkriptom gibi alanlarda kendimi geliştirmeyi amaçlıyorum. Ayrıca laboratuvar altyapısında bulunan yeni nesil dizileme cihazı (MiSeq, Illumina) sayesinde, hem veri üretimi hem de biyoinformatik analizler konusunda deneyim kazanma fırsatı buluyorum. Bu, benim hem teorik hem de pratik bilgilerimi birleştirerek daha kapsamlı ve etkili araştırmalara katılım sağlamama olanak tanıyor. Aynı zamanda geniş bir biyoinformatik yazılım ve program yelpazesiyle çalışma becerilerine sahip olabilmenin yanı sıra laboratuvar deneyimlerimde büyük katkısı oluyor. Kendi yeteneklerimi geliştirirken, çeşitli konferanslar ve seminerlere katılım sağlayarak, alandaki güncel gelişmeleri takip etmeye ve bu konularda bilgi paylaşımına da katkı sağlamaya önem veriyorum. Bu süreçte elde ettiğim bilgi ve deneyimleri birleştirerek, biyolojik verilerin analizi ve yorumlanması konusunda ilerleyen kariyerimde etkili bir araştırmacı olma hedefine odaklanıyorum.”
Elif YAŞAR
student(MSc)
“Sivas Cumhuriyet Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü’nden 2022 yılında mezun oldum. Evrime olan merakımı daha ileriye taşımak ve biyoinformatik alanında kendimi geliştirmek için 2023 yılında biyoinformatik alanında yüksek lisans eğitimine başlamam ile Evrimsel Biyoinformatik Araştırma Grubuna (EBRG) dahil oldum. Python, R dillerinde ve Linux programlamada kendimi geliştirmeyi hedefliyorum.”
Songül ALİM
student(MSc)
“Sivas Cumhuriyet Üniversitesi Biyokimya bölümünden 2022 yılında mezun oldum ve lisans eğitimim süresince Moleküler Biyoloji ve Genetik bölümünde çift anadal yapma fırsatı buldum. Mezuniyetimden bir dönem sonra Sivas Cumhuriyet Üniversitesi’nde Biyoinformatik Disiplinlerarası Ana Bilim Dalı’nda yüksek lisans eğitimine başladım. Yüksek lisans sürecinde Python ve R dillerindeki becerilerimi geliştirmeyi hedefliyorum. Aynı zamanda Evolutionary Bioinformatics Research Group (EBRG) bünyesinde yer alan yeni nesil dizileme cihaz (MiSeq, Illumina) ile çalışarak metagenom ve mitogenom analizleri, metabarkodlama, hesaplamalı genom analizi ve transkriptom gibi alanlarda farklı laboratuvar deneyimleri kazanmayı amaçlıyorum.”